정치범수용소내 인권탄압과 관련하여 주목할 만한 사항은 집단학살이 있었다는 점이다. 안명철씨 증언에 의하면, 1986년 10월 함북 온성의 12호관리소에서는 정치범들이 인권탄압에 대한 항의를 하는 과정에서 수용소내 보위원 가족마을을 습격하여 보위원 가족 수백 명을 살상하는 사건이 발생하였다.

당시 국가안전보위부는 이를 진압하기 위해 경비대 1개 대대병력을 출동시켜 봉기가담자를 포함하여 청장년 약 5000여 명 이상을 사살하였다.
수용소의 열악한 환경과 고통 등을 이기지 못하고 탈출하다가 체포된 자, 보위부원에게 반항하거나 보위부원을 구타한 자는 반드시 수용자들이 지켜보는 가운데 교수형에 처하거나 총살한다.

강철환·안혁·안명철의 증언에 의하면, 이같은 처형과 작업중 사고 등으로 인해 사망하는 인원은 1개 소당 매년 수백 명에 달한다. 강철환의 증언에 의하면, 폐쇄된 승호리수용소에서는 1개월에 300여 명 이상이 사망한경우도 있었다.

공개처형 대상자가 발생하면 통상 1∼2일 감금해 두었다가 처형 당일 아침 10시경 작업장에 있는 수용자들을 전원 집합시킨 뒤 처형하고 시체는 인근 야산에 매장한다.

안명철은 공개처형이 공포심을 조장하여 수용자들을 순종케 하기 위한 제도였는데, 처형이 너무 잦아 정치범들이 '면역'이 생긴 데다 정치범들의 반발심과 분노를 유발함에 따라 1984년부터는 공개 처형보다는 비밀처형을 많이 실시하고 있다고 증언하였다.

한편 탈북자 안명철씨는 국가안전보위부 3국 관할의 정치범수용소에서는 비밀처형과 함께 수용소 의사들에의해 일본의 731부대나 나치 수용소에서 자행되었던 것과 유사한 생체실험이 행해지고 있다고 주장하고 있으나, 이같은 증언은 확인할 길이 없는 상태이다.